В соответствии с п. 2 статьи 17 Федерального закона «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации, федеральных территорий и муниципальных образований» №6-ФЗ от 7 февраля 2011 года проверяемые органы и организации и их должностные лица вправе обратиться с жалобой на действия (бездействие) контрольно-счетных органов в законодательные (представительные) органы.
Представления и предписания Контрольно-счетной палаты Томской области могут быть обжалованы в судебном порядке. Порядок обжалования регламентирован главой 24 Арбитражного процессуального кодекса Российской Федерации.